Se desconoce la causa exacta de esta enfermedad pero los pacientes que la padecen tienen una predisposición genética, además de existir un factor ambiental que la detona, siendo los principales las infecciones u otras enfermedades sistémicas. Se le conoce como "primario" cuando no existe otra enfermedad de base y como "secundario" cuando existe otra enfermedad que, de hecho, pudo haber detonado el síndrome, siendo la principal el Lupus Eritematoso Sistémico (LES), de hecho hasta 30% de los pacientes con LES pueden tener SAF.
En niños y adolescentes muchas veces la sospecha inicia cuando al tomar unos tiempos de coagulación cuando se les va a realizar alguna cirugía programada, encuentran el TTPa prolongado y se empieza a investigar la causa.
La principal manifestación en niños es la formación de trombos, siendo los principales sitios de trombosis, las venas de las extremidades inferiores (ocasionando dolor, enrojecimiento e inflamación de la pierna afectada), el cerebro y los pulmones aunque puede suceder en cualquier órgano o tejido del cuerpo. Al haber trombosis hay un inadecuado funcionamiento de los órganos y pueden existir múltiples manifestaciones secundarias.
Otras manifestaciones frecuentes son las plaquetas bajas, la anemia hemolítica y varios tipos de lesiones en la piel como la formación de una "red de venas", Fenómeno de Raynaud e incluso necrosis de los dedos.
Cuando se afectan 3 o más órganos o tejidos del cuerpo en un periodo menor de una semana, se conoce como Síndrome Antifosfolípido Catastrófico y si no se trata es mortal.
Aunque es una enfermedad poco frecuente en niños y adolescentes, existe y si el diagnóstico no se realiza de manera oportuna, puede tener consecuencias fatales. En todo niño o adolescente con los tiempos de coagulación prolongados y/o trombosis, se debe descartar esta enfermedad reumática.
